在我國經濟發展歷程中，可以說，中小企業支撐著台灣經濟發展的命脈。但在全球化趨勢下，中小企業無論在資源取得或經營環境，所受到挑戰越趨明顯增加，尤其是在對各國法規的調適。因此，協助中小企業發展，便是貫穿此次台美協定的重要任務。
行政院鄧政務委員說明，首批協定各章節的內容，均希望對中小企業有好處，例如法規透明化、貿易便捷化等等，都考量到中小企業經營考量與障礙。鄧政委進一步表示，「台美協定將會促進雙方中小企業有更多交流，把中小企業顧好，就等於把台美經貿關係顧好 !」
根據中小企業章節，台美雙方就中小企業發展將建立以下合作機制：
一、為中小企業增加經商機會：
- 促進中小企業育成中心、出口協助中心等機構之合作交流。
- 加強對中小企業融資、教育訓練計畫、貿易便捷化、數位貿易等方面之資訊交換與分享。
- 雙方承諾，要促進中小企業參與數位貿易，協助中小企業適應變動的市場條件，使中小企業能自更優質的貿易與投資活動中獲得更多利益。
- 雙方承諾，共同協助由婦女、原住民族、青年及少數族群、新創、農業及鄉村等中小企業，並協助彼此建立夥伴關係及參與國際貿易。
二、加強資訊分享：
- 臺美將建立專屬網頁，提供中小企業投資與經商相關之最新資訊，例如關務、技術法規、外國投資、商業登記、融資計畫、就業法規、稅務資訊等，便於中小企業掌握雙方政府為協助中小企業所提供的資源。
三、建立中小企業對話平台：
- 臺美將定期召開中小企業對話，邀請官方代表、私部門、員工、非政府組織、學術專家等廣泛參與，討論臺美中小企業貿易之機會與挑戰。
經貿談判辦公室進一步解釋，首批協定中小企業章節主要敘述台美雙方在中小企業議題上的合作方向，許多具體工作及對中小企業的利益，在其他章節項目也都是考量重點，相信臺美貿易協定將會持續帶來更多中小企業效益。